Unter Leitung von Direktor Prof. Dr. Frank Bösch entstehen am ZZF übergreifende Forschungsschwerpunkte, größere Projekte sowie zahlreiche Einzelstudien, die jeweils in den Abteilungen des ZZF eingebunden sind.
Dazu zählt zum Beispiel die Arbeit an dem 2021 gestarteten Schwerpunkt zur Geschichte der radikalen Rechten in Deutschland nach 1945. Dieser untersucht Ideologie, Lebenswelt, Parteien, Jugendgruppen, Agieren in der Bundeswehr sowie Gewalt der extremen Rechten systematisch. Das Projekt, eingeworben bei der Volkswagen-Stiftung, leitet Bösch als Sprecher zusammen mit Gideon Botsch vom Moses Mendelssohn Zentrum Potsdam (MMZ). Am ZZF werden die zugehörigen Projekte in Abteilung IV: Regime des Sozialen bearbeitet.
Mehrere Projekte untersuchen den Übergang von der staatssozialistischen DDR zur gesamtdeutschen Gesellschaft seit 1990: Das Projekt zum Umbau der ostdeutschen Hochschulen leitet Frank Bösch gemeinsam mit Dominik Geppert (Universität Potsdam). Für das Verbundprojekt »Das Mediale Erbe der DDR« mit der LMU München und der FU Berlin, fungiert Bösch gemeinsam mit Jürgen Danyel und Christoph Classen als Leitung für die am ZZF in der Abteilung III: »Medien- und Informationsgesellschaft« angesiedelten Teilprojekte.
Zudem leitet Direktor Bösch ZZF-intern, gemeinsam mit Winfried Süß, die zweite Phase des Graduiertenkollegs »Soziale Folgen des Wandels der Arbeitswelt« mit vier Doktorand*innen am Haus.
Ein übergreifender Forschungsschwerpunkt, den Frank Bösch mit aufbaut und eigene Forschungen betreibt, liegt in der deutschen Zeitgeschichte in ihren globalen Bezügen. So erschien im Frühjahr 2024 seine Monografie zum bundesdeutschen Umgang mit weltweiten Diktaturen zwischen 1949 und 1990.
Zu den wissenschaftlichen Forschungen der Direktion gehören auch Projekte der Public History, des Leibniz-Forschungsverbunds "Wert der Vergangenheit" und des Leibniz-Labs "Umbrüche und Transformationen."
