Unter Leitung der beiden Direktor*innen Prof. Dr. Frank Bösch und Prof. Dr. Gabriele Metzler entstehen am ZZF übergreifende Forschungsschwerpunkte, größere Projekte sowie zahlreiche Einzelstudien, die jeweils in den Abteilungen des ZZF eingebunden sind.
Zu den wissenschaftlichen Forschungen der Direktion gehören auch Projekte der Public History, des Leibniz-Forschungsverbunds »Wert der Vergangenheit« und des Leibniz-Labs »Gesellschaftliche Umbrüche und Transformationen«.
